Bagenkop havnespor løb fra stationsområdet ned gennem byen til havnemolen hvor på der lå to spor, udover selve hovedsporet var der også et vigespor, hvor der kan køres til via et højre sporskifte.
Bagenkop stations moduler:
Modul 1 – strækningsmodul med tilkobling til Bagenkop kurven
Modul 2 – indkørsel til stationsterrænet
Modul 3 – vigespor, hovedspor og varehus område
Modul 4 – vigespor, hovedspor og sidespor
Modul 5 – perron og sidesporets læsserampe
Modul 6 – perron og den lille drejeskive
Modul 7 – remise og sporet mod havnen
Modul 8 – havnemolens start
Modul 9 – havnemolens slutning